Woliński Park Narodowy utworzono 3 marca 1960 r. w celu ochrony jednego  z najcenniejszych przyrodniczo obszarów nadmorskich w Polsce. Obejmował on wtedy najcenniejszy fragment wybrzeża klifowego w Polsce z klifami dochodzącymi do 90 metrów wysokości oraz przylegający do niego ciąg wzgórz morenowych, a także tereny w południowo-zachodniej części wyspy Wolin. Charakterystycznymi zbiorowiskami były tu różne rodzaje buczyny, z najcenniejszą, rosnącą jedynie na koronie klifu buczyną storczykową. Dużą troską otaczano również charakterystyczne gatunki nadmorskie, a w szczególności jeden z symboli WPN - mikołajka nadmorskiego.

3 stycznia 1996 r. w granice Parku włączono pas przybrzeżnych wód morskich  o szerokości 1 mili morskiej, deltę Świny oraz część Zalewu Szczecińskiego. Dzięki temu Park objął swoimi granicami jedne z najciekawszych na ornitologicznej mapie Polski terenów. Tereny sąsiadujące z Zatoką Pomorską i Zalewem Szczecińskim leżą bowiem na trasie wędrówek ptaków pomiędzy Europą Północno-Wschodnią i Azją a Europą Zachodnią i Południową. Spotkać tu można m. in. ostrygojada, bataliona, różne gatunki biegusów, perkozów czy nurów. Poza tym obszar ten stanowi również ważne zimowisko  dla wielu „północnych” gatunków ptaków, np. lodówki, bielaczka, szlachara, edredona, gągoła. Wielotysięczne stada ptaków wodnych stłoczonych zimą na niewielkich niezamarzniętych obszarach stwarzają idealne warunki dla żerowania największemu polskiemu ptakowi drapieżnemu, bielikowi (drugiemu z symboli WPN), którego populacja nad Zalewem Szczecińskim jest najliczniejsza w Polsce.

Wyjątkowe walory przyrodnicze sprawiły, że obszary Wolińskiego Parku Narodowego zostały włączone do europejskiej sieci NATURA 2000, której celem jest ochrona zagrożonych w skali całej Europy gatunków zwierząt i rodzajów siedlisk. Na terenie Parku i w jego sąsiedztwie znajdują się obszar specjalnej ochrony ptaków PLB 320002 Delta Świny, obszar specjalnej ochrony ptaków PLB 99003 Zatoka Pomorska oraz specjalny obszar ochrony siedlisk PLH 320019 Wolin i Uznam.